Работа с исходящими ссылками

Как мне правильно расположить ссылки на главной и других страницах, чтобы не превращать сайт в помойку и не терять пуозмерки?

Про то, как управлять PR сайта можете прочитать здесь
От себя добавлю - делайте г.о. удобную для пользователя понятную навигацию.
А некоторые моменты почерпните из статьи, что указана выше.

Как нарастить пузомерки, если у сайта упал PR?

1. Добиваться большого кол-ва беков на сайт с пиаристых страниц.
2. Стараться все внешние ссылки с Вашего сайта запихивать в nofollow.